신성장 산업 육성을 위해 보다 적극적이고 과감한 세제지원이 필요하다는 업계의 간절한 요구에 정부가 긍정적인 신호를 보내왔다.

신성장 산업과 관련한 세제지원 강화 방안이 올해 정부 세법개정안에 포함된 것이다.

업계의 요구가 모두 반영된 것은 아니지만, 당장의 '급한 불'은 껐다는 분위기가 형성되고 있다.

현재 신성장 산업과 관련된 세제지원 제도는 2011년 도입된 '신성장동력·원천기술연구개발비 세액공제(이하 신성장 R&D 세액공제)'와 지난해 도입된 '신성장기술 사업화를 위한 시설투자 세액공제 제도(이하 신성장 시설투자세액공제)' 2가지.

정부가 특정한 157개 기술의 연구개발(R&D) 비용에 대해 대기업은 최대 30%(중소기업 40%)까지 공제해주고, 신성장 시설투자금액은 금액의 5%(중소기업 10%)를 공제해 주는 것.

하지만 신성장 R&D 세액공제의 경우 법에 열거된 공제 대상만 혜택을 받을 수 있어, 블록체인 등 신성장 산업의 핵심 중 하나로 거론되는 기술 조차 세액공제 혜택을 받지 못하는 상황이다.

아울러 신성장 시설투자세액공제는 매출대비 R&D 비용이 5% 이상에다가, 전체 R&D에서 신성장 R&D가 차지하는 비중이 10% 이상이어야 하고, 전체 종업원 수도 감소하지 않아야 하는 까다로운 요건을 모두 만족해야 하기 때문에 '그림의 떡'에 불과한 정책이라는 목소리가 나온다.

이에 정부는 이번 세법개정을 통해 신성장 R&D 세액공제의 공제대상에 블록체인, 양자컴퓨터 관련 기술 등 신기술을 시행령으로 규정하고 적용기한도 오는 2021년 12월31일까지 3년 연장하기로 결정했다.

신성장 시설투자세액공제의 경우도 기업들이 현실적으로 가장 어려워하는 매출대비 R&D 비용 요건을 5% 이상에서 2% 이상으로 완화하고 적용기한을 3년 연장하기로 했다.

정부 관계자는 "자체 시물레이션 결과 신성장 시설투자세액공제 개정으로 기업들이 지금보다 1200억원 가량의 공제혜택을 더 받을 수 있을 것으로 보인다"면서 "신성장 산업을 다루는 기업 대부분이 공제 혜택을 받을 수 있을 것으로 예상한다"고 말했다. 

재계는 일단 환영하는 분위기다.

아직 제대로 된 통계가 없어 정책 실효성을 속단하기엔 이르지만, 정부가 재계의 목소리를 긍정적으로 받아줬다는 사실만으로도 고무적인 반응을 내비치고 있다.

특히 매출대비 R&D 비용 요건(5% 이상)은 기업들이 가장 힘들어 하는 부분이었는데, 문턱이 확 낮아짐에 따라 기업들이 신성장 시설에 과감한 투자를 할 수 있을 것이라는 전망이 나온다.

한국경제연구원 남현준 책임연구원은 "신성장 시설투자세액공제 요건이 완화가 된 부분이 가장 눈에 띈다"며 "매출액에서 연구개발비가 차지하는 비중이 5% 이상이어야 했는데, 개정안에서 2%로 완화됐다. 실제 기업들의 의견을 수렴해 봐도 5% 요건은 굉장히 까다롭고 가장 큰 애로사항이었다"고 말했다.

그는 아울러 "신성장 R&D 세액공제의 경우 몇 가지 기술을 검토해서 공제 대상에 (시행령으로)추가한다고 했는데 이 역시 긍정적으로 평가한다"며 "기술이 빠르게 발전하고 있어 시의적절하게 반영해야 되기 때문에 긍정적인 방향이라고 생각한다"고 전했다.

하지만 일각에선 아직 현실을 반영하지 못한 법 규정이 남아있다는 불만 섞인 목소리도 나온다.

신성장 시설투자세액공제의 경우 매출대비 R&D 비용 요건만 완화됐을 뿐, 나머지 2가지 요건이 여전히 신성장 기술 기업들의 발목을 붙잡고 있는 형국이기 때문이다.

재계는 전체 R&D에서 신성장 R&D가 차지하는 비중 10% 요건도 지난 2015년도 기준 실적이 3.3%에 불과한 만큼 비율요건을 낮추거나 세법상 신성장 R&D 인정비용의 범위 확대를 통해 제도를 현실화 할 수 있다고 말한다.

신성장 R&D 세액공제를 받은 경우 2년간 전체 근로자 수를 유지해야 한다는 요건도 청년 근로자수나 신성장 사업부문의 근로자수로 대체가 필요하다는 의견이다.

남 연구원은 "시설투자세액공제 요건 중 신성장 사업과 관련 없는 전체 종업원 수를 유지해야 한다는 요건이 있는데, 신성장에서의 인원 유지는 공감하지만 전체 종업원 수까지 컨트롤해야 한다는 것은 기업 입장에서 부담으로 작용한다"고 말했다.

한편 그는 "신성장 R&D 세액공제의 경우 신성장 R&D 전담부서에 대해서만 공제해주는 현행 요건이 현실과 동떨어져 있다"면서 "연구인력들이 신성장 R&D와 일반 R&D를 병행하는 경우가 많은데, 전담부서가 아닌 신성장 프로젝트별로 R&D 공제를 추진해 병행업무를 허용할 수 있도록 제도를 개선했으면 한다"고 전했다.